يعد فرع الجراحة من الفروع الاساسية في كلية الطب حيث ان الشهادة التي تمنحها الكلية (بكلوريوس في الطب والجراحة العامة) تحمل في جزء منها اسم الفرع.تأسس الفرع في عام 1970 اي بعد ثلاث سنوات من تأسيس الكلية وكان  الاستاذ الدكتور مصطفى احمد الخضار اول رئيس لفرع الجراحة تلاه الاستاذ الدكتور طلال الجلبي من 1977-1978 ثم الاستاذ الدكتور حكمت عبد الرسول 1978-1985وكان للرعيل الاول من الاساتذة بصمة واثر كبير في الاجيال التي تلته .كان الفرع في بداية تأسيسه في المستشفى الجمهوري ثم انتقل الى الطابق السادس من بناية الكلية في البراضعية ومع انتقال الكلية لبنايتها الجديدة يشغل الفرع جزء من الطابق الثاني في هذه البناية . يضم الفرع حاليا 49 تدريسي في مختلف تخصصات الجراحة ويقوم الفرع بتدريس مادة الجراحة العامة للمرحلتين الثالثة والرابعة كما يقوم الفرع بتدريس طلبة المرحلة الخامسة فرعيات الجراحة في الكسور والتجميلية وجراحة الصدر والاوعية الدموية والعيون والاشعة وجراحة الاذن والانف والحنجرة.