في خطوة نوعية تهدف إلى الارتقاء بالمستوى الأكاديمي وتعزيز أواصر التعاون المؤسسي  وإيماناً بضرورة التكامل بين المؤسسات الأكاديمية والقطاعات الصحية التخصصية لتطوير البحث العلمي ونقل التكنولوجيا الطبية الحديثة وقعت كلية الطب بجامعة البصرة اتفاقية تعاون علمي وأكاديمي  مع  مستشفى الكوثر التعليمي  ، فقد اتفق الطرفان على عدة بنود منها التدريب السريري والأكاديمي حيث تم اعتماد مستشفى الكوثر التعليمي كمركز تدريبي لطلبة الدراسات العليا (البورد والماجستير) وطلبة المراحل المنتهية في كلية الطب.

  فضلاً عن إشراك الملاكات الطبية المتخصصة في المستشفى في إلقاء المحاضرات النوعية والإشراف المشترك على الرسائل والأطاريح العلمية وتنظيم ورش عمل دورية تمنح ساعات تدريبية معتمدة أكاديمياً من قبل الكلية، وتنفذ عملياً في أروقة المستشفى، ممايرفع من كفاءة الطواقم الطبية في البصرة.

 كما سيتم تشکیل فرق بحثية مشتركة لإجراء دراسات ميدانية وسريرية تستفيد من قاعدة البيانات والتقنيات المتطورة وتسهيل وصول الباحثين وطلبة الدراسات العليا إلى المختبرات التخصصية ووحدات الطب النووي والأشعة المتوفرة في مستشفى الكوثر التعليمي. التشخيصية لأغراض البحث العلمي.

اضافة الى التعاون في تنظيم المؤتمرات الطبية الدولية الندوات وورش العمل التخصصية التي تهدف إلى نقل المعرفة الطبية الحديثة فضلاً عن  إقامة دورات تدريبية مستمرة لتطوير كفاءة الملاكات الطبية والتمريضية والتقنية لكلا الطرفين.

سيتم كذلك إطلاق حملات توعوية صحية مشتركة تستهدف المجتمع البصري، تعتمد على النتائج البحثية والخبرة الميدانية. التنسيق في النشر الإعلامي للنشاطات العلمية المشتركة عبر المواقع الرسمية والمجلات العلمية التابعة للطرفين.